社伝によれば天喜５年(1057)源頼義、義家（八幡太郎）の父子が、この地の大杉の梢高く源氏の白旗をかかげて軍勢をつのり、京都の石清水八幡宮に武運長久を祈ったところ、士気大いに奮い、 前九年の役に勝利をおさめたので、凱旋後、その分霊を勧請したのが、当社の創建と伝えられている。 文治五年(1189)源頼朝もまた奥州征定の時、祖先の吉例にならい、白旗を立てて 戦いでの勝利を祈願したので、建久２年(1191)梶原景時に命じて社殿を造営した。現在、社宝となっている雌獅子頭（めじしがしら）と境内に残る浄水石は、このとき頼朝が 奉献し、神門前の太鼓橋は、景時が寄進したものといわれている。天正１９年(1591)には、徳川家康が神領として当社に十八石を寄進する朱印状を発給した。さらに、徳川家康は、慶長５年(1600)に多摩川に六郷大橋を架橋し、この竣功を祈って願文を奉り、また当社の神輿をもって渡初式を行ったと史書にみえる。当社が八幡宮の巴紋と併せて葵紋を用いているゆえんはここにある。江戸時代には、東海道をへだてた西側の宝朱院（御幡山建長寺）が別当寺だったが、明治維新により廃され、明治５年(1872)東京府郷社に列格し、明治９年より六郷神社と称して今日に至っている。 （六郷神社HPを参考） 大例際
　なお、当神社で1月７日に行われる「子ども流鏑馬」と６月（第２週の土日）の大例祭に奉納される「子ども獅子舞」は大田区の無形民俗文化財に指定されている。